Filmas "Labirinta skrējējs" turpinājuma sākumā Tomass (Dilans O'Braiens) un pārējie izdzīvojušie meklē norādes par kādu noslēpumainu, ietekmīgu organizāciju. Drīz vien viņi nonāk svelmainā tuksnesī, kas ir pārpilns ar neiedomājamiem šķēršļiem, kā arī tur viņus gaida...
